A frekvenciamérés bizonytalanságát alapvetően a referencia-időalap stabilitása és a számlálási módszer határozza meg.
Referencia-időalap
A kvarc-, rubídium- vagy GPS-fegyelmezett oszcillátor különböző rövid és hosszú távú stabilitást biztosít. A megfelelő etalon kiválasztása a mérési időskálától függ.
Gate time
Közvetlen frekvenciaszámlálásnál a kapuidő növelése csökkenti a kvantálási bizonytalanságot, de lassítja a mérést és érzékenyebbé tehet a driftre.
Triggerelés
A triggerküszöb, zaj, jelalak és meredekség időzítési bizonytalanságot okozhat. Kis jel vagy lassú él esetén ez domináns komponens lehet.
Időintervallum
Időintervallum-mérésnél mindkét csatorna késleltetése, a közös időalap és a csatornák közötti szisztematikus eltérés értékelendő.
Stabilitás
Az Allan-szórás és más stabilitási mutatók segítenek elkülöníteni a fehér zajt, driftet és oszcillátor-zajfolyamatokat.
A kalibrálási programnak igazolnia kell, hogy a kiválasztott funkciók, tartományok és mérési pontok megfelelnek a tényleges használatnak, és az eredményekhez tartozó bizonytalanság alkalmas a döntési feladatra.